YART-Yamaha Official EWC Team sangat tangguh pada sesi kualifikasi kedua. Karel Hanika berhasil mengalahkan rekor kualifikasi yang dicapai Markus Reiterberger pada 2020. Rider asal Ceko dari tim pabrikan Yamaha ini menyelesaikan lap dengan catatan waktu yang mengesankan, 1:37.674, hanya berbeda sepersekian detik dari rekannya Marvin Fritz yang mencatatkan waktu 1:37.857. Hanya dua rider ini yang mampu berada di bawah 1:38 pada sesi ini.

Rata-rata dari tiga waktu tercepat yang diraih menunjukkan keunggulan YART-Yamaha Official EWC Team dengan hampir 1 detik lebih cepat dibanding BMW Motorrad World Endurance Team dan Yoshimura SERT Motul.

F.C.C. TSR Honda France akan start dari tempat ke-4 di depan Tati Team Beringer Racing yang mampu berada di posisi atas walau Alan Techer absen dalam laga ini dan di belakang mereka ada VRD Igol Experiences. Dua tim independen ini dapat mengalahkan dua tim pabrikan, ERC Endurance-Ducati dan Webike SRC Kawasaki France Trickstar.

Di Superstock, tim Kawasaki menguasai kualifikasi. BMRT 3D Maxxess Nevers akan start dari posisi ke-9 di depan Moto Ain (EWC) yang sempat terjatuh. Rival lainnya yang memperebutkan kejuaraan Superstock semua berada di posisi start yang baik, yakni Team 33 Louit April Moto, Wójcik Racing Team dan National Motos.

Insiden yang terjadi di sesi latihan Kamis kemarin menyebabkan dua rider harus mundur karena cedera. Dominik Vincon akan digantikan oleh Nigel Walraven di atas sadel BMW milik Team LRP Poland. Sedangkan untuk Players, Axel Aynié dan Arnaud de Kimpe harus menjalani balapan 12 jam berdua saja karena absennya Matthieu Thibault.

12 Hours of Estoril akan mulai pada Sabtu pukul 9 pagi waktu setempat (pukul 15:00 WIB) di Portugal.

12 Hours of Estoril 2021 – Hasil akhir kualifikasi

Posisi start sementara